La competenza dei conguagli spetta all'Autorità sanitaria locale, la quale deve procedere con propria deliberazione alla determinazione, a seguito di valutazione – normalmente su espressa domanda dei titolari delle farmacie – al fine di determinare sia la correttezza del calcolo del fatturato di riferimento Ssn, sia conseguentemente gli importi da rimborsare a conguaglio in quanto indebitamente trattenuti.

In caso contrario procede d'ufficio nel termine prescrittivo.

I riferimenti più che normativi sono giurisprudenziali e innumerevoli.