Il direttore di farmacia, non socio, può essere inquadrato come lavoratore autonomo titolare di Partita Iva anche se, tenuto conto delle responsabilità connesse e alla funzione propria del direttore, questa tipologia di rapporto di lavoro non è frequente. Infatti, il rapporto di lavoro instaurato con il direttore deve avere la caratteristica di stabilità e, al contempo, deve garantire una piena ed ininterrotta presenza sul posto di lavoro.

La tipologia di rapporto contrattuale di lavoro autonomo, infatti, è generalmente adottata dai farmacisti che intendano prestare la propria opera professionale in più farmacie, fattispecie non consentita ad un direttore così come chiarito dal Ministero della Salute che esclude «(..) la possibilità che una stessa persona ricopra tale assorbente ruolo in più farmacie».